O Pão dos Pobres surgiu da iniciativa solidária do Cônego José Marcelino de Souza Bitencourt, que buscava amparar as viúvas e os filhos de vítimas da Revolução Federalista. A Fundação foi inicialmente batizada como Pia União do Pão dos Pobres de Santo Antônio.
No início de 1900 é concluído o processo de compra da propriedade destinada a acomodar as viúvas desabrigadas. No terreno localizado no bairro Cidade Baixa, foi construída a estrutura física da fundação, que persiste até os dias atuais.
Depois de 15 anos de atividade, Cônego José Marcelino consegue realizar o sonho de suprir todas as necessidades das crianças atendidas. Em 1910, o Pão dos Pobres passou a contar com duas escolas: a Escola Dom Feliciano, destinada a educar meninos, e a Escola Dom Sebastião, para meninas.
Em 18 de janeiro de 1916 os lassalistas Irmão Pedro, Irmão Luiz, Irmão Auberto e Irmão Firmo chegam a Porto Alegre para cumprir sua nova missão junto aos órfãos e pobres da comunidade. No mesmo ano, Irmão Pedro se torna o primeiro diretor da instituição.
Em 1922 uma nova atividade cultural é garantida aos alunos do Pão dos Pobres com a fundação da banda, que permaneceu ativa até 1970.
O Pão dos Pobres forma sua primeira turma de jovens capacitados para o mercado de trabalho com a conclusão das primeiras turmas dos cursos de funilaria e tipografia.
A instituição é definida juridicamente como Fundação e recebe o nome que viria a torná-la conhecida e querida pela sociedade: O Pão dos Pobres de Santo Antônio.
Após 5 anos em obras, o prédio do internato do Pão dos Pobres tem sua construção finalizada, garantindo 300 novas vagas destinadas ao acolhimento de órfãos.
No ano de 1932, mais um prédio é inaugurado na estrutura da fundação, que passa a contar com novas salas de aula com capacidade para receber mais de 200 alunos.
No dia 15 de agosto de 1995, o Pão dos Pobres reafirma seu compromisso com a sociedade na missa que comemorou o centenário de suas atividades. Presidida por Sua Excelência Reverendíssima Dom Altamiro Rossato, Arcebispo de Porto Alegre, a celebração contou com a presença de autoridades, funcionários, crianças e comunidade em geral.
No ano de 2000, o ginásio construído em 1991 recebe o nome de Ginásio Capitão Dunga devido a uma importante doação feita pelo atleta, que possibilitou, além do custeamento de despesas da instituição, investimentos em atividades esportivas para as crianças.
Contando com a presença do Ministro da Educação e Cultura, no dia 1º de dezembro de 2000 é inaugurado o Centro de Educação Profissional (CEP). A unidade, que foi ampliada e modernizada dois anos depois, também já recebeu a visita de presidentes, ministros e arcebispos.
Começa a construção de um plano de transição gradativa para o fechamento do internato e implantação do acolhimento, mudança que exige o reordenamento institucional da fundação.
O Pão dos Pobres passa a atender o Programa de Oportunidades e Direitos. Apoiando e acompanhando os jovens egressos da FASE e suas famílias, até 2016 o projeto contribuiu para a prevenção da violência, diminuição da reincidência em crimes e inserção dos jovens no mercado de trabalho através da inclusão em cursos e oficinas.
No dia 6 de julho de 2011, o Pão dos Pobres estabelece, em convênio com o município, o Projeto Cidade Escola. Atendendo a 125 crianças, o projeto segue uma proposta pedagógica inclusiva, que visa desenvolver o crescimento pessoal e social das crianças através de atividades teóricas e práticas de formação integral.
Em março do mesmo ano, o Pão dos Pobres vence um convênio público para a implantação de duas unidades de acolhimento institucional. Passa então a oferecer unidades baseadas no modelo residencial, assegurando condições adequadas de habitação, higiene e segurança para seus acolhidos.
Em 2015, o Pão dos Pobres celebrou 120 anos de história, uma vitória possível graças ao apoio de empresas, convênios públicos e comunidade que colaboram para o desenvolvimento de uma sociedade melhor.